Dans le premier tiers du film, l'amour de Miguel et Santiago est présenté sous tous ses angles, sentimentaux, intellectuels et physiques. Les scènes d'amour sont d'un lyrisme à la limite du kitsch, avec leur joliesse parfois gênante - tout est magnifique : les plages de sable fin, le bleu profond de la mer, les corps d'éphèbes des deux amants, le soleil se reflétant sur leur peau... Javier Fuentes Léon les filment avec une sincérité absolue, dans un premier degré hypersensible parfois too much. Puis, son film prend un virage étrange, devient une sorte de film de fantôme minimaliste. Dans une scène absolument stupéfiante, on comprend que Miguel est mort et n'existe plus que dans l'esprit de son amant. Cette intégration douce et assez bouleversante du surnaturel introduit ce qui est le sujet majeur du film : l'acceptation de soi par Miguel. En allant chercher en mer le corps de son amant et en finissant par admettre devant la communauté villageoise qu'il a aimé cet homme, Miguel devient homme libre et désormais prêt à la paternité.  

Contracorriente n'est donc pas tant l'histoire d'un amour impossible qu'un trajet de deuil qui est aussi trajet de libération – Miguel finit pas accepter et assumer non seulement sa sexualité mais aussi sa liberté d'individu à l'intérieur d'une communauté oppressante. Le film est donc également un commentaire sur le poids des conventions, des traditions et du qu'en-dira-t-on, parfois trop appuyé mais jamais trop manichéen – le personnage de la femme de Miguel est à cet égard très beau et émouvant. Miguel n'est pas entièrement une victime, et les rapports ambigus de l'individu à sa famille, son village, sa communauté sont dépeints avec lucidité, sous la forme d'un conflit intérieur. On regrette les quelques clichés dont use Fuentes Léon pour mettre en évidence ce conflit, notamment la caractérisation du personnage de Santiago, archétype romantique de l'artiste homo ultra sensible et doux (l'acteur Manolo Cardona est particulièrement beau).

L'action de Contracorriente prend place dans un lieu paradisiaque dont la beauté (qui évoque ce très beau film italien de 2002, Respiro) contraste avec la cruauté des destins. Le cinéaste filme l'émouvant parcours d'émancipation de son protagoniste (louons l'interprétation délicate de Cristian Mercado) avec une grande douceur et, même si sa sensibilité vire parfois à la sensiblerie, c'est sa sincérité qui finit par l'emporter.